猫杯状病毒不是猫鼻支，猫鼻支的病原是猫鼻气管炎疱疹病毒引起的呼吸道疾病，两种病毒引起的疾病症状相似，且具有传染性，临床上需要注意鉴别诊断。如果主人发现猫咪出现眼睛红肿、眼鼻分泌物增加、咳嗽、打喷嚏等症状，建议及时带猫咪到宠物医院进行检查。
猫杯状病毒和猫疱疹病毒完全不同。猫杯状病毒和猫疱疹病毒会引起猫的呼吸道病变，猫有打喷嚏、流脓、流鼻涕的症状，猫咪也会出现流眼泪有脓眼屎的症状。但是，猫杯状病毒会引起猫的牙龈炎症和口腔溃疡的症状，猫疱疹病毒会引起猫的结膜炎。
