澳大利亚牧羊犬风湿性关节炎早期症状为游走性跛行、关节周围软组织肿胀、精神抑郁、发热、厌食，犬跛行重而轻，反复发作。澳大利亚牧羊犬风湿性关节炎中期，由于反复复发，关节软骨进一步被侵蚀，导致骨质疏松、软骨下透明、肿胀。类风湿关节炎晚期关节腔变窄，边缘糜烂，不完全脱位和完全脱位。
澳大利亚牧羊犬风湿性关节炎的早期症状有行走跛行、关节周围软组织肿胀、抑郁、发热、厌食等。澳大利亚牧羊犬风湿性关节炎中期，由于反复复发，关节软骨进一步被侵蚀，导致骨质疏松、软骨下透明、肿胀。类风湿关节炎晚期关节腔变窄，边缘糜烂，不完全脱位和完全脱位。
澳大利亚牧羊犬坏死性胰腺炎主要表现为呕吐、腹泻，甚至出血，并伴有上腹痛、弓背姿势等。如果生化测试能发现脂肪酶和淀粉酶都比正常值高很多。如果是重症胰腺炎，可能会有黄疸的迹象，结膜和皮肤呈黄色染色，甚至可能出现肾脏损伤或衰竭，所以要及时治疗，不要延误。
澳大利亚牧羊犬冠状病毒的病因可能是狗妈妈在孕期感染了冠状病毒，没有产生抗体，通过脐带血传播。还是小狗在哺乳期被狗妈妈间接接触性传播。或者澳大利亚牧羊犬生活在有冠状病毒的环境中。这也可能是澳大利亚牧羊犬在外出玩耍时接触到带有冠状病毒的狗狗。主要原因是病毒入侵时澳大利亚牧羊犬抵抗力低。
澳大利亚牧羊犬狗瘟热眼炎的治疗原则是抗病毒和大量输注。在犬瘟热的具体治疗中，要对症洗眼，使用抗菌眼药水，如康润、太曲等。犬瘟热病毒感染后，常发生继发性结膜炎，导致眼结膜潮红、眼睑肿胀，早期眼部分泌物增多但变薄，逐渐演变为脓性分泌物，导致上下眼睑常粘连在一起。
澳大利亚牧羊犬轻度脑炎的主要症状是意识障碍。生病澳大利亚牧羊犬会表现出烦躁不安或高度抑郁，甚至不认识主人，有的不停地吠叫、漫无目的地奔跑、撞上障碍物，有的病犬出现圆背、局部或全身痉挛性抽搐。情绪低落的动物头部下垂，眼睛半闭，头顶障碍物不动，对外界反应迟钝，姿势不正确，肌肉无力，一些生病的狗昏昏欲睡地倒在地上。
澳大利亚牧羊犬的慢性支气管炎的特点是经常咳嗽，可能打喷嚏。此外，呼吸道中的粘液会增加，导致澳大利亚牧羊犬呼吸困难，导致澳大利亚牧羊犬呼吸频率增加。建议犬在呼吸道痰液不能排出时，考虑雾化治疗。
患有胃炎症的澳大利亚牧羊犬可能会出现抑郁、胃痛、胀气、厌恶触摸、食欲不振、呕吐、腹泻等症状。治疗过程中应禁食、饮水，但可加适量生理盐水。要明确病因，以免再次刺激胃肠道，加重症状，导致脱水消瘦。
肛腺囊肿发炎的狗狗经常甩尾巴，用屁股蹭地板，试图咬肛门，排便困难，不允许摸屁股。澳大利亚牧羊犬的肛门肿了，会有臭味。炎症严重时会流出黄色分泌物，并混有脓液。建议清洗肛腺，注射消炎药。重症澳大利亚牧羊犬需要全身抗感染治疗，恢复后每次洗澡都要清洗肛腺。
澳大利亚牧羊犬的指间炎症的常见症状是脚趾或脚的其他部位之间长出一个小包。一开始，它和粉刺一样大，然后它变得越来越大。严重时会破裂，脓或血会流出。因为肿胀和疼痛，狗不敢在地上行走，它看起来像是跛行的。这种脓肿可能长在一个脚趾之间，也可能在几个脚趾之间发炎。皮肤颜色会变红，脚趾附近的头发也会变色。
