由自然现象或皮肤病引起的。中亚牧羊犬脱发大致可以分为两类，最常见的是皮肤病，如细菌性皮肤病、真菌性皮肤病、寄生虫性皮肤病、特应性皮炎等。二是内分泌疾病。当中亚牧羊犬患有甲状腺功能减退症时，他可能会对称脱毛。另外，非疾病原因主要是生理性季节性脱毛，这是中亚牧羊犬为了适应环境变化而进行的自我调节。无论什么样的原因比较容易辨别，经常会出现大面积的皮肤病脱发，而且很容易看到皮肤脱落后，皮肤可能出现红肿、疼痛、局部分泌物增多等局部炎症。季节性脱发往往没有病理特征，多发于秋夏季。
中亚牧羊犬憋尿最好不要超过10个小时。12小时内必须允许上一次厕所，否则会对中亚牧羊犬的泌尿系统造成损害，导致泌尿系统疾病，如尿石症、肾炎、膀胱炎、尿道炎等。一般来说，公中亚牧羊犬的持尿耐力比母中亚牧羊犬好，成年中亚牧羊犬的持尿能力也比幼犬好，但从健康的角度看，不要让中亚牧羊犬上厕所超过10个小时。
中亚牧羊犬憋不住尿就是尿失禁。尿失禁的原因有几个:第一，中亚牧羊犬憋尿时间太长，中亚牧羊犬一般憋尿不超过十个小时。其次，中亚牧羊犬的尿道括约肌和持尿肌不正常，使狗无法控制地想小便。再次，中亚牧羊犬的尿道结构发生变化，如输尿管移位；最后，中亚牧羊犬的脊髓可能有问题，导致膀胱麻痹。如果中亚牧羊犬有尿失禁，主人应该立即带它去宠物医院。
最好把中亚牧羊犬限制在一定的空间，放在报纸或者尿垫里。它们在上面排泄后，带有这种气味的报纸或尿垫会被回收，放置报纸或尿垫的空间会进一步缩小。收集的报纸或尿垫将被放入其中，以诱导他们在那里排尿。如果他们表现正确，他们将得到奖励，如果他们表现不正确，他们不应该受到惩罚。需要重复这个过程，逐渐缩小范围，直到他们肯定能在报纸或尿垫上小便。
首先，如果你的中亚牧羊犬有点便秘，可以吃健胃消食特效药。如果中亚牧羊犬便秘严重，可以用盐水、肥皂水或开塞露灌肠促进排便，然后观察是否有改善；如果没有好转，应该及时送医院。其次，中亚牧羊犬要多喝水，改进饮食配方，增加纤维素含量，多给蔬菜。让中亚牧羊犬养成规律排便的习惯，饭后带狗散步，并逐渐形成排便条件反射。
如果中亚牧羊犬身上有跳蚤，应先将跳蚤排出体外，同时对环境进行消毒。如果只对环境进行消毒，不注意中亚牧羊犬的驱赶，很可能重复，因为跳蚤的产卵量非常高。中亚牧羊犬要先洗澡，大部分跳蚤在驱虫前都要去。对于进入环境的跳蚤，要用吸尘器清除大部分的跳蚤卵，关键部位要用专业的除蚤喷雾。房间应保持干燥通风，被子和衣服应经常清洗。
中亚牧羊犬可以挑食，也可以患一些常见病，比如感冒、寄生虫病、消化不良等。主人可以尽量给它一段时间停止进食，并根据具体情况调整时间。同时，确保它有足够的水。当它感到饥饿时，它会自然地吃东西。或者给它几分钟吃，食物一到就拿走。从长远来看，让它养成专心吃饭的习惯。
如果是小骨质，可能会和大便一起排出。如果是大块骨，可能会在胃内形成食道阻塞或异物。如果食管阻塞，应使用造影剂进行X光检查，以确定骨的位置。在诱导呕吐或全身麻醉后，可以通过食道内窥镜取骨。如果靠近胸部，就需要手术。如果到了胃部，也需要手术。尖锐的骨头容易导致食道和胃穿孔。
断奶中亚牧羊犬满1个半月时，可注射抗传染病疫苗，共3针，每21天一次，3个月以上可注射1针狂犬病疫苗。接种期间尽量不要拿出来洗澡换食物，尽量不要改变中亚牧羊犬的生活环境。当中亚牧羊犬两月大时，可以使用驱虫药，体内和体外每月一次，3个月和体外每月一次。
可以用抗真菌喷雾剂，用棉签蘸药液在中亚牧羊犬的感染部位，最好用含有中药成分的药，药性温和，无刺激性，如果狗舔，影响也比较小；真菌感染比较强，给中亚牧羊犬上药时，你需要戴上一次性手套以避免感染，很多真菌会感染人；平时注意不要让中亚牧羊犬抓着感染部位，真菌会引起瘙痒，如果被抓着，会慢慢好转。
