矮脚猫四肢短，不利于跨越配种，初次配种可能需要人工辅助配种。一个人扶着母猫，另一个人帮助公猫跨越配种。一般来说，第一次成功后，没有必要进行人工辅助配种。同时，小腿猫最好不要和小腿猫配种，选择体型小的普通猫，以免发生遗传性疾病。
矮脚母猫可以繁殖。矮猫学名曼基康猫，又称猫中的柯基，它的短腿是它们独特的特征，也造就了它们走路时的憨态可掬。曼基康猫的短腿基因不会导致猫患相关遗传病，可以放心繁殖。建议带到医院检查猫的生殖器官，尤其是子宫、卵巢等器官的发育情况。
